פגיעתם של מעשי האיבה בין עזה לישראל בשנת 2014 נמשכת אל תוך 2016; יותר מ־16 אלף משפחות (כ־90 אלף בני אדם) בעזה נותרו עקורות משום שבתיהן נהרסו או ניזוקו קשות. למרות ההתקדמות בשיפוץ כ־160 אלף בתים שספגו נזק קל עד קשה, השיקום מתקדם בעצלתיים. עד סוף ינואר 2016 הצליחו רק 15% מהמשפחות לחזור לבתים משופצים או משוקמים. העבודה על אלפיים בתים נוספים נמשכת, אבל השיקום או השיפוץ של בתי 74% מהמשפחות העקורות טרם החל.
בתדרוך החודשי שלו למועצת הביטחון, הזהיר מזכ״ל האו״ם באן קי־מון כי "המצב ההומניטרי בעזה נותר מסוכן... קשיים כרוניים בתחומי הביטחון והמשילות וחוסרי מימון האטו את השיקום... [ש]אינו יכול להתבצע בלי תמיכה קריטית מתורמים."
כדי לתת מענה לצרכים הומניטריים ברחבי השטח הפלסטיני הכבוש, תושק בפברואר תוכנית המענה ההומניטרי לשנת 2016, הכוללת 206 מיזמים בשווי של 571 מיליון דולר. לפחות 65% מהכספים המבוקשים למיזמים מיועדים לעזה.
בגדה המערבית נמשכו מתקפות של פלסטינים נגד כוחות ישראליים ומתנחלים. בינואר 2016 נהרגו במתקפות אלה שתי ישראליות וכן 14 פלסטינים שביצעו או נחשדו בביצוע המתקפות, בהם ילדה אחת וחמישה ילדים. במהלך החודש ניכרה ירידה חדה בתדירות ובעוצמה של הפגנות המחאה והעימותים עם כוחות ישראליים. באירועים אלה נפצעו 530 בני אדם (בלא הרוגים), לעומת ממוצע חודשי של תשעה הרוגים ויותר מ־4,000 פצועים בשלושת החודשים הקודמים.
סקר מהיר שערך משרד האו״ם לתיאום עניינים הומניטריים בשבוע האחרון של 2015 מצביע על כך שמאז אוקטובר 2015 הציבו כוחות ביטחון ישראליים 91 מכשולים חדשים (מחסומים, חסמי דרכים, תלוליות עפר וכו׳) בכבישי הגדה המערבית כדי להגביל תנועת כלי רכב פלסטיניים, במטרה מוצהרת למנוע מתקפות. כמעט 60% מהמכשולים הוצבו בנפת חברון, אף שבינואר 2016 הוקלו מעט ההגבלות.
המתיחות בגדה המערבית משתקפת בעלייה החדה במספרם של ילדים פלסטינים המוחזקים במעצר. בסוף 2015 הוחזקו במערכת בתי הכלא הישראלית 428 ילדים, המספר הגבוה ביותר מאז מרס 2009, בהם שישה בני עשרה שהוחזקו במעצר מנהלי בלא אישום או משפט. תצהירים שארגון Defense of Children International-Palestine גבה על פני שלוש שנים ממאות ילדים פלסטינים מצביעים על כך ששלושה רבעים מהם סבלו צורה כלשהי של אלימות פיסית לאחר מעצרם.
במהלך חודש ינואר הגבירו הרשויות הישראליות את ההריסה וההחרמה של נכסים פלסטיניים בשטח C ובירושלים המזרחית בנימוק של היעדר היתרי בנייה. הנכסים שנבחרו לכך כללו פריטים שניתנו כסיוע הומניטרי לקהילות בדואיות פלסטיניות באזור ירושלים, המצויות בסכנת העברה בכפייה.
בתדרוך שלו למועצת הביטחון ציין מזכ״ל האו״ם כי "למרבה הצער, 2016 החלה באופן דומה למדי לזה שבו הסתיימה 2015 – מלווה ברמות בלתי קבילות של אלימות ושיח ציבורי מקוטב לרוחב הקשת הפוליטית בישראל ובשטח הפלסטיני הכבוש." באן קי־מון גינה "דקירות, תקיפות דריסה וירי על ידי פלסטינים נגד אזרחים ישראלים," ולצד זאת הצהיר כי "באמצעי ביטחון לבדם לא די לעצור את האלימות. הם אינם יכולים לטפל בתחושת הניכור והייאוש העמוקה המניעה פלסטינים מסוימים – ובמיוחד צעירים... התסכול הפלסטיני גובר תחת העול של חצי מאה של כיבוש והשיתוק של תהליך השלום... בגדה המערבית הכבושה, העובדות בשטח, כפי שהן מכונות, מכרסמות בלא הרף בישימות המדינה הפלסטינית וביכולתו של העם הפלסטיני לחיות בכבוד." הוא קרא לקהילה הבינלאומית לסייע "לפלסטינים ולישראלים לשקם את האמון ולהשיג שלום בר קיימא לפני שיהיה מאוחר מדי."