ההריסות והתפיסות התחדשו באמצע יוני, לאחר סיום חודש הרמדאן. בסך הכול נהרסו או נתפסו 22 מבנים בבעלות פלסטינית, עשרה פלסטינים נעקרו מבתיהם ויותר מ־120 בני אדם נוספים נפגעו באופנים אחרים. תקריות אלה מביאות את המספר הכולל של מבנים שהרשויות הישראליות הרסו או תפסו בגדה המערבית במחצית הראשונה של 2018 ל־197, ירידה של 22% לעומת התקופה המקבילה ב־2017. מגמה זו משקפת ירידה משמעותית (42%) בהריסות בשטח C, בצד עלייה קלה (12%) בירושלים המזרחית.
כל המבנים שנהרסו או נתפסו בחודש יוני, מלבד שניים, היו בירושלים המזרחית, בהם שמונה בתי מגורים, עשרה מבנים המשמשים למחיה וארבעה קירות תמך או גדרות. יש לציין כי בשל שורת תיקונים לחוק התכנון והבנייה משנת 1965, החל בישראל ובירושלים המזרחית, שאושרה בכנסת באוקטובר 2017, הקנסות המוטלים על בני אדם המואשמים בבנייה בלא היתר עלולים להגיע עד 400 אלף ש״ח, לעומת קנסות בסך של עשרות אלפי שקלים שניתן היה להטיל עליהם קודם לכן.
בשטח C נהרס במהלך החודש מבנה אחד בקהילת רועים הממוקמת בשטח בדרום נפת חברון (מסאפר יטא) שהוגדר על ידי ישראל כ"שטח אש" לאימונים צבאיים. זו אחת מ־12 קהילות באזור (המונות בסה״כ 1,300 בני אדם) המצויות בסיכון מוגבר להעברה בכפייה בשל הסביבה הכופה המוטלת עליהן.
כמו כן הודיעו החודש הרשויות הישראליות כי יקפיאו את יישומו של צו צבאי חדש, שהיה מתיר את הריסתם של מבנים שנבנו בלא היתר ונחשבים "חדשים", תוך 96 שעות ממתן צו פינוי. ההודעה על ההקפאה באה לאחר שארגונים לזכויות האדם עתרו לבג״ץ נגד צו זה, והיא תישאר בתוקף עד למתן פסיקה בעניין.
בחודש יוני לא נהרסו או נתפסו מבנים במימון תורמים, אך הוחרמו חומרי בניין לסיום בנייתו של בית ספר חדש שנתרם על ידי האיחוד האירופי. במחצית הראשונה של 2018 נהרסו או נתפסו 27 מבנים במימון תורמים, בשווי כ־60,960 אירו, שליש ממספר המבנים שנבחרו בתקופה המקבילה בשנת 2017 (81 מבנים).
ולבסוף, ביוני נהרסה לשם ענישה דירת מגורים בעיירה ברטעא א־שרקייה (נפת ג׳נין), בשטח B, הריסה שגרמה לעקירתם של שלושה בני אדם. הבית היה שייך למשפחתו של פלסטיני שדרס למוות שני חיילים ישראלים במרס 2018, ונעצר לאחר מכן.