בשנת 1998 הפכה מחלקת העניינים ההומניטריים של האומות המאוחדות למשרד לתיאום עניינים הומניטריים, ומאז הקים משרד זה עשרות משרדי שטח ברחבי העולם.
בספטמבר 2000 פרצה בשטח הפלסטיני הכבוש האינתיפאדה השנייה; האלימות הלכה והסלימה, בני אדם רבים נהרגו או נפצעו מדי יום, והתנאים ההומניטריים הידרדרו. זמן קצר לאחר מכן, לבקשת המתאם המיוחד מטעם האו"ם לתהליך השלום במזרח התיכון, הציב משרד האו"ם לתיאום עניינים הומניטריים אנשי סגל בשטח הפלסטיני הכבוש, כדי שישמשו רכזים לטיפול במצב ההומניטרי. אנשי סגל נוספים הגיעו לאחר סבב הסלמה נוסף באביב 2002.
באותה שנה (2002) ביקש ראש הממשלה הישראלי אריאל שרון את תמיכת האו"ם בטיפול בצרכיהם של הפלסטינים. עקב כך שלח מזכ"ל האו"ם באן קי-מון את השליחה ההומניטרית האישית שלו, קתרין ברטיני, לאמוד את המצב ההומניטרי בשטח הפלסטיני הכבוש. בשנת 2003, בעקבות המלצות השליחה, אישר המזכ"ל את הקמתו של סניף של משרד האו"ם לתיאום עניינים הומניטריים בשטח הפלסטיני הכבוש.
הקמנו את המטה של משרדנו בשטח הפלסטיני הכבוש בירושלים המזרחית, ולאחר מכן פתחנו משרד-משנה בעזה. לימים הקמנו יחידות תיאום שטח בשכם (לכיסוי צפון הגדה המערבית), ברמאללה (לכיסוי מרכז הגדה המערבית) ובחברון, (לכיסוי דרום הגדה המערבית).